A WCS Brasil é considerada uma das mais importantes ONG de preservação ambiental do país, além de sua representatividade no mundo por meio da WCS Global. No Brasil, atua ativamente em inúmeros projetos, também em parcerias com outras instituições, na conservação, pesquisa e monitoramento de fauna e flora na Amazônia brasileira e no Pantanal / Cerrado. Os destaques vão para os trabalhos com Onça Pintada, Quixadas, Quelônios e Arara Azul.